あの海中戦のシーンはよくわからなかった方も多いと思うので、自分なりに解説してみます。

まず、海底にあったタンクのようなものの中には何が入っていたかといいますと、メタンハイドレードという物質です。
メタンハイドレード -Wiki
ラクシャータさんも「メタンハイドレードかぁ」言ってたけど、微妙に噛んでたから聞き取れなかった方もいるんじゃないかなーと思った。
この物質は、別名「燃える氷」といわれていて、見た目は氷に似てるけど、よく燃えるという性質を持っています。
なので、石油などに代わるエネルギーとして注目を集めているようです。
そういえば中３の理科の教科書にも載ってました。
そして物質名から分かるように、この物質はメタンを中心に成り立っています。
＞1立方メートルのメタンハイドレートを1気圧の状態で解凍すると164立方メートルのメタンガスに変わる。このメタンはメタンハイドレートの体積の20%に過ぎず、他の80%は水である。
とWikiにあるように、燃えると大量のメタンガスなどを発生させるようです。
タンクを魚雷で爆破し、泡となった大量のメタンガスなどを発生させることによって戦艦をも転覆させられたってことです。

あそこにメタンハイドレードのタンクがあったのは、日本近海は世界最大のメタンハイドレート埋蔵量を誇ると言われているので、ブリタニアが研究用に施設を作っててもおかしくないってことからだと思います。
ってか脚本家天才すぎるだろ！！

なぜあそこにタンクがあることをルルーシュが知っていたかは不明、、ってそんなこと言ってたら楽しくないですよねー
でも最近作画崩れすぎな気がしないでもないかも、、

追記：
>ちょいと気になったので書き込みさせていただきます。メタンハイドレートが燃焼した際に発生した大量のメタンガスが直接船を持ち上げたりするなりして転覆させたというよりは、大量のメタンガスの為に浮力がなくなったと見る方が正しいかと。船は水に浮いてますが浮力を提供していた水がメタンガス（気体）に押し退けられてしまった訳ですから単純に下に落ちる訳です。そりゃ沈むなり転覆するなりするわーって事で。

と、ドリルさんからコメントを頂きました。
今考えるとまさにその通りですね。思い違いをしてました。
指摘ありがとうございました。